Deteksi Paparan SARS-CoV-2 Menggunakan Sampel Swab Nasofaring, Swab Orofaring, dan Saliva

Abstract

Deteksi keberadaan SARS-CoV-2 pada tubuh seseorang sangat penting dilakukan untuk meminimalisir penyebaran COVID-19 dan mengontrol kondisi epidemiknya serta mengupayakan pemberian terapi atau penanganan yang tepat bagi seseorang yang terkonfirmasi terpapar SARS-CoV-2. Jenis sampel dapat mempengaruhi hasil pemeriksaan RT-qPCR yang merupakan gold standard untuk mendeteksi adanya paparan SARS-CoV-2 pada tubuh seseorang. Penelitian ini dilakukan untuk mengetahui paparan SARS-CoV-2 pada ketiga jenis sampel (swab nasofaring, swab orofaring, dan saliva) pada setiap pasien (n = 72) yang diperiksa menggunakan metode RT-qPCR. Hasil pemeriksaan RT-PCR pada setiap pasien dianggap positif apabila minimal satu jenis sampel pada setiap pasien tersebut terdeteksi SARS-CoV-2. Sebanyak 29 pasien (40.28%) menunjukkan hasil positif pemeriksaan RT-qPCR yang kemudian dikategorikan sebagai pasien terkonfirmasi COVID-19. Secara kualitatif, ketiga jenis sampel pada setiap pasien menunjukkan hasil pemeriksaan RT-qPCR positif yang bervariatif. Setiap jenis sampel berpotensi memunculkan hasil positif untuk pemeriksaan paparan SARS-CoV-2 menggunakan teknik RT-qPCR. Nilai ct (cycle threshold) hasil pemeriksaan RT-qPCR juga tidak memiliki korelasi dengan jenis sampel yang digunakan (uji chi-square; p = 0.906). Penggunaan satu jenis sampel saja untuk pemeriksaan RT-qPCR COVID-19 berpotensi memunculkan hasil negatif palsu. Penggunaan kombinasi ketiga jenis sampel (swab nasofaring, swab nasofaring, dan saliva) sebagai bahan pemeriksaan terkait deteksi adanya paparan SARS-CoV-2 pada tubuh seseorang perlu dipertimbangkan untuk memperoleh hasil diagnosis yang efekstif